Setelah aktivitas belajar dan menghafal seharian secara formal maupun nonformal bersama Ustadz dan Guru-Guru, para santri tetap bersemangat beraktivitas belajar secara mandiri di malam.

Belajar mandiri ini dilakukan bertujuan untuk, meningkatkan kualitas diri serta belajar mereka. Selain itu juga, belajar mandiri memiliki manfaat agar apa-apa yang sudah dipahami di kelas kemudian dimurajaah kembali pada saat belajar mandiri sehingga ilmu yang sudah didapati tidak mudah lupa begitu saja dan mempersiapkan diri tentang mata pelajaran yang akan dibahas besok-nya.

Dalam belajar mandiri, Para santri ini diperbolehkan untuk belajar di mana saja di kawasan pondok dengan batas-batas yang ditentukan; diantaranya, ruang serba guna, Masjid, Kelas serta Gazebo. Batasan wilayah ini ditentukan agar untuk mempermudah para Asatidz dalam mengawasi, serta mencegah para santri dari potensi berbuat pelanggaran.